Organizmaların sınıflandırılması her dönemin mantık ölçüleri ve bilgi düzeyine bağlı olarak yapıldığı için insanlığın gelişme sürecine paralel
olarak değişiklik geçirmiştir. Sınıflandırmanın tarihçesi Aristo’ya (M.Ö.384 – 322) kadar uzanmaktadır. Aristo canlıları bitkiler ve hayvanlar; hayvanları ise yaşadıkları yere göre karada, suda ve havada yaşayanlar şeklinde gruplandırmıştır. Aristo’nun öğrencilerinden biri olan Theophrastus da bitkileri; otlar, çalılar ve ağaçlar olarak gruplara ayırmıştır. Aristo’nun öncülük ettiği bu sınıflandırma sistemi Rönesans’a
Kadar devam etmiştir.
Canlıların sınıflandırılmasında John Ray (1627 – 1705) önemli bir role sahiptir. John Ray “Bitkiler Tarihi” adlı eserinde tür kavramına yer vermiş ve bu kavramı, benzer anne ile babadan doğan benzer organizmalar için kullanmıştır. İsveçli doğa bilimcisi Carolus Linnaeus (1707 – 1778), John Ray’in türler hakkındaki yaklaşımını benimsemiştir. Linnaeus, Aristo’nun ortaya koyduğu alem ve Ray’in ortaya koyduğu tür gruplarını yetersiz görerek yaptığı sınıflandırmada ayrıca cins, takım ve sınıf kategorilerini kullanmıştır. Linnaeus, yayınladığı eserlerde canlıların adlandırılmasına
ilişkin geliştirdiği bilimsel yöntemi açıklamıştır. Linnaeus’un ileri sürdüğü adlandırma yöntemi sayesinde her canlıya bilim dünyasının kabul ettiği ortak bir isim verilmiştir. Sınıflandırmanın bu kısa tarihçesi bugünkü sisteme nasıl gelindiği konusunda bilgiler içerir. Günümüzde canlıların bilimsel sınıflandırılması doğal (filogenetik) sınıflandırma ile yapılır. İlk olarak yapılan yapay sınıflandırma yöntemleri zamanla yerini doğal sınıflandırma yöntemlerine bırakmıştır.