Bilimsel sınıflandırmada canlılar gittikçe daha fazla türü kapsayan kategoriler halinde sınıflandırılır. Bu sistemde türler cinslere, cinsler ailelere (familya), aileler takımlara, takımlar sınıflara, sınıflar şubelere, şubeler alemlere yerleştirilir. Yani sınıflandırma birimleri büyükten küçüğe doğru alem, şube, sınıf, takım, aile, cins ve tür olarak sıralanır.

Alemden türe inildikçe canlılarda ortak gen ve protein çeşidi, embriyoların gelişim evrelerindeki benzerlik, homolog organ benzerliği gibi ortak özellikler artar. Birey sayısı ve çeşitlilik azalır. Türden aleme doğru gidildikçe ise ortak özellikler azalır, ancak birey sayısı ve çeşitlilik artar. Doğal sınıflandırma sisteminde canlılar; bakteriler, arkebakteriler, protista, mantarlar, bitkiler ve hayvanlar olarak altı alem altında incelenir.

Örnek: Canlıların, filogenetik (bilimsel) olarak sınıflandırılmasında elde edilen;
I. Farklı bitki türleri olma
II. İki farklı cins içinde yer alma
III. Aynı sınıfta yer alma
özelliklerinden hangileri, Allium cepa (soğan), ve Allium sativum (sarımsak) bitkileri için doğrudur?

Çözüm: Doğal sınıflandırmada kullanılan başlıca kategoriler arasında hiyerarşi bulunur. Canlılar gittikçe daha çok türü kapsayan hiyerarşik gruplar halinde sınıflandırılır.
Bilimsel sınıflandırma basamakları: Tür –> Cins –> Aile –> Takım –> Sınıf –> Şube –> Alem şeklinde sıralanır. Sınıflandırmada her canlının iki kelimeden oluşan bir adı vardır. İlk kelime büyük harfle başlar ve cins adıdır. İkinci kelime küçük harfle başlar ve türün tanımlayıcı adıdır.

Buna göre, Allium cepa ve Allium sativum aynı cins içinde yer alan farklı bitki türleridir. Aynı cins içinde bulunduğu için aynı sınıf içinde de yer alır.

Örnek: Doğal sistematikte türler bilimsel olarak adlandırılır ve hiyerarşik gruplar içinde yer alır. Aynı sınıf içinde bulunan iki canlı, kaç sistematik birimde daha mutlaka aynı grupta yer alır?

Çözüm:
Canlıların dahil oldukları bilimsel sınıflandırma kategorileri şöyledir:
Alem –> Şube –> Sınıf –> Takım –> Aile –> Cins –> Tür

Aynı sınıf içerisinde yer alan iki canlı, sınıftan önceki sınıflandırma basamaklarında da birlikte bulunur. Bu durumda aynı sınıfta yer alan iki canlının mutlaka aynı şube ve alem içinde yer aldığı söylenebilir.