Mustafa Kemal, Mondros Ateşkes Anlaşması imzalandıktan sonra Harbiye Nezareti tarafından İstanbul’a çağrılmıştı. 13 Kasım 1918’de İstanbul’a geldiğinde aynı gün Boğaz’a giren düşman donanmasını görmüş ve “Geldikleri gibi giderler.” diyerek bağımsızlığa olan inancını ve kararlılığını vurgulamıştır.

Mustafa Kemal, çok geçmeden İstanbul’da bağımsızlık mücadelesi verilemeyeceğini anladı. Çünkü İstanbul, Anlaşma Devletlerinin denetimi altındaydı. İstanbul Hükûmeti teslimiyetçi bir politika izliyor, işgaller karşısında sessiz kalıyordu. Aydınların büyük bir kısmı bağımsızlık konusunda umutsuzdu. Bazı aydınlar ise çare olarak İngiliz veya Amerikan mandası altına girilmesini savunuyorlardı. İşgaller karşısında Anadolu’nun çeşitli yerlerinde direniş cemiyetleri ve Kuvayımilliye birlikleri kendi imkanlarıyla bölgesel kurtuluş yolları arıyorlardı. Mustafa Kemal, bu düşünceleri yanlış buluyor, bölgesel kurtuluş çarelerini yetersiz görüyordu. Ona göre yapılması gereken ulusal egemenliğe dayanan kayıtsız şartsız bağımsız yeni bir Türk devleti kurmaktı. Bu şartlar karşısında Anadolu’ya geçerek Millî Mücadele’yi başlatmaya karar verdi.

Mustafa Kemal, Anadolu’ya askerî ve sivil idarecilere emir verme yetkisine sahip bir komutan olarak gitmek istiyordu. Böylece halkı ve devlet görevlilerini Millî Mücadele etrafında birleştirebilirdi. Bu sırada Karadeniz Bölgesi’nde Rum çeteleri Türklere saldırıyor, bu nedenle çatışmalar yaşanıyordu. İngiltere, 0smanlı Hükümetine bir nota vererek bu durum önlenmediği takdirde Mondros’un 7. maddesi gereğince bölgeyi işgal edeceğini bildirdi. İstanbul Hükümeti, Karadeniz Bölgesi’ne asayişi sağlamak üzere bir komutan gönderme kararı aldı. Bu, Mustafa Kemal’in Anadolu’ya geçmek için beklediği bir fırsattı. Yaptığı girişimler sonucunda IX. Ordu Müfettişliği görevine atandı. 16 Mayıs 1919’da Bandırma Vapuru ile İstanbul’dan hareket eden Mustafa Kemal, 19 Mayıs 1919’da Samsun’a ulaştı. Buradaki durumu bir rapor hâline getirerek (Samsun Raporu) İstanbul’a gönderdi. 19 Mayıs 1919 Millî Mücadele’nin başlangıç tarihi kabul edilmektedir.