Doğada var olan tüm maddeler atomlardan oluşur. Bazı maddeler tek tek atomlardan oluşan bir yapıya sahiptir. Bazı maddelerin yapıları ise iki ya da daha fazla atom bulunduran gruplardan oluşur. Atom grupları aynı cins veya farklı cins atomlardan oluşabilir. Aynı ya da farklı cins en az iki atomun birbirine bağlanması sonucu oluşan atom gruplarına molekül denir.
Bazı maddeler atomik yapıya sahipken bazıları moleküler yapıya sahiptir. Aynı cins atomların bir araya gelmesiyle molekül oluşabilir. Bazı atomlar doğada sadece molekül halinde bulunur.
Doğada farklı cins atomların bir araya gelmesiyle de molekül oluşabilir. Farklı cins atomlarla oluşan moleküllerin sahip oldukları atom sayıları birbirleriyle farklılık gösterebilir.