Mantarlar doğadaki madde döngülerinin gerçekleşmesinde etkili olma, besin olarak kullanılma, bazı ilaçlar ve besin yapımı gibi bir çok olayda kullanılır.

• Mantarlar ölen bitki ve hayvan kalıntılarının çürüyerek toprağa karışmasını sağlar. Bu sayede organik bileşikler daha küçük organik bileşiklere ve inorganik bileşiklere dönüşür.
• Bitkilerin çoğunda kökün etrafında mantarlar bulunur. Bu ortak yaşamda mantarlar hifleri ile geniş yüzey oluşturur ve bitkinin topraktan daha çok su ve mineral almasına olanak sağlar.
• Mantarlar kendilerini bakterilerden korumak için bazı maddeleri üretirler. Bugün kullandığımız bazı antibiyotikler mantarların ürettiği bu maddelerden yapılmaktadır.

• Küf mantarları organik madde artıklarını çürüterek yaşayan mantar çeşitleridir. Bu mantarların ürettiği sporlar salça, ekmek, peynir ve farklı besinler üzerinde gelişerek besinlerin küflenmesine neden olur.
• İnsanda ağızda, boğazda, üreme organlarında ve deride enfeksiyonlara neden olarak, insan sağlığını etkileyen mantar türleri vardır. Mantarların neden olduğu hastalıklara genel anlamda mikozis denir.

Mantarlar ayrıştırıcı organizmalar oldukları için ekosistemde hayati rol oynarlar. Mantarlar, bulundukları ortama büyük besin moleküllerini sindiren enzimler salgılar. Sindirilen besin molekülleri daha sonra mantarın hücresi içine emilerek alınır. Mantarlar bu yolla ölü organizmaları ve diğer organik maddeleri ayrıştırarak, bitki esi için gerekli olan karbon, azot gibi elementlerin doğaya geri dönmesini sağlar.

Bilinen mantarların yaklaşık %30’u genellikle bitkiler üzerinde olmak üzere parazit olarak yaşar. Bitki paraziti olan mantarlar tarım bitkilerine büyük zararlar verir. Parazit mantarlar insanlarda da birçok hastalığa sebep olur. Parazit mantarların oluşturduğu enfeksiyona ‘”mikozis” adı verilir. İnsan derisinde oluşan ve cilt üzerinde yuvarlak kırmızı bölgeler ortaya çıkaran mikozis, saçkıran olarak adlandırılır. Mantarların yol açtığı diğer bir hastalık atlet ayağı adını alır. Bu hastalık ayaklarda şiddetli kaşıntı ve kabarcıklara neden olur. Bazı mantarlar da genital bölgede ve akciğerlerde enfeksiyonlara yol açmaktadır. Mantar hastalıkları genelde bulaşıcı olmalarına rağmen uygun ilaçlarla kolayca tedavi edilebilmektedir.