Belirli bir özellik için genotipi bilinmeyen bir organizmanın genotipini belirlemek amacıyla yapılan çaprazlamaya kontrol çaprazlaması veya test çaprazlaması adı verilir. Bir özellik açısından çekinik fenotipli bir bireyin genotipi her zaman homozigot (aa) olmasına rağmen, baskın fenotipli bir bireyin genotipi homozigot (AA) ya da heterozigot (Aa) olabilir.

Baskın fenotipte olan bir bireyin ğenotipini belirlemek için onu, aynı özelliğin homozigot çekinik genotipli bir bireyi ile çaprazlamak gerekir. Daha sonra elde edilen yavruların fenotiplerine bakılır. Bu durumu bir örnekle açıklayalım.

Kedilerde kısa kıllılıktan sorumlu alel (A) baskın, uzun kıllılıktan sorumlu alel (a) çekiniktir. Genotipi bilinmeyen kısa kıllı bir kedinin, bu özellik açısından homozigot mu heterozigot mu olduğunu anlamak için onu uzun kıllı bir kedi ile çaprazlamak gerekir. Çaprazlama sonunda meydana gelen yavruların hepsi kısa kıllı ise genotipi araştırılan birey büyük olasılıkla homozigottur. (AA genotipindedir.) Eğer oluşan yavruların bazıları uzun kıllı ise genotipi araştırılan birey heterozigottur (Aa genotipindedir). Uzun kıllı yavru oluşması, çekinik alellerden bir tanesinin kısa kıllı ebeveynden geldiğini ve kısa kıllı ebeveynin heterozigot genotipe sahip olduğunu gösterir.

Verdiğimiz örnekte ortaya çıkabilecek iki sonuç aşağıda gösterilmiştir.