Fatih’in ölümüyle birlikte, kardeşinden önce İstanbul’a gelen II. Bayezid Osmanlı tahtına çıktı. Şehzade Cem, II. Bayezid’in hükümdarlığını tanımadığı gibi Bursa’da hükümdarlığını ilan ederek II. Bayezid’den ülke topraklarının aralarında paylaştırılmasını istedi.

Ancak II. Bayezid’in, bu isteği kabul etmemesi Fatih’in oğulları arasında taht kavgalarının çıkmasına neden oldu. Cem Sultan, II. Bayezid’e yenilerek Karamanoğulları aracılığıyla Mısır’daki Memlük Devleti’ne sığındı. Bir süre sonra yeniden Anadolu’ya gelen Cem Sultan tekrar taht mücadelesine girişti; ancak yine başarısız oldu ve Rodos Adası’na kaçarak buradaki Sen Jan Şövalyeleri’ne sığındı.

Fakat II. Bayezid’in daha önce Sen Jan Şövalyeleri ile anlaşması Cem’in alıkoyulmasına neden oldu. Sen Jan Şövalyeleri Cem’i önce Fransa’ya ardından da Papa’ya götürdüler. Papa’nın Osmanlı Devleti’ne karşı ittifak tekliflerini reddeden Cem, İtalya’ya gelen Fransa Kralı VIII. Şarl tarafından İstanbul’a ve Kudüs’e bir Haçlı Sefer düzenlemek amacıyla papadan alındı; ancak Cem Sultan yolda hastalanarak öldü.

Cem Sultan’ın önce Memlüklere ardından da Sen Jan Şövalyelerine sığınarak Fransa’ya ve papaya götürülmesi, Osmanlı Devleti’ne ait bir iç sorunun dış sorun haline gelmesine yol açtı. Cem Sultan’ın Avrupalıların elinde bulunması, bu dönemde Osmanlının pasif bir politika izlemesine neden oldu. Cem Sultan’ın Memlüklere sığındığı dönemde bu devlet tarafından padişah gibi karşılanıp himaye görmesi, Osmanlı-Memlük ilişkilerinin daha da bozulmasına ortam hazırladı.

Cem Sultan ayaklanması Osmanlı Devleti’nin dış politikalarında pasif kalmasına neden olmuş, fetih hareketlerini duraklatmıştır.