1. Yaşamlarına Göre Bakteriler:

Bakteriler yaşamlarına göre ototrof ve heterotrof olarak ikiye ayrılırlar

A) Ototrof Bakteriler: 

Fotosentetik Bakteriler:
Işık kullanır.
Klorofilleri vardır.
CO2 kullanır.
Besin üretir.

Kemosentetik Bakteriler:
Işık kullanmaz.
Klorofilleri yoktur.
CO2 kullanır.
Besin üretir.
İnorganik madde oksitlerler.

B) Hetorotrof Bakteriler:

Parazit Bakteriler
Sindirim enzimleri yoktur.
Yaşamaları için gerekli olan besinleri monomer (yapıtaşı) halinde almak zorundadırlar.
Parazit bakterilerin Endotoksin ve Ekzotoksin olmak üzere zarar veren etkileri vardır.
Ekzotoksin hücre dışına salgılanan bir çeşit proteindir
Endotoksin hücre çeperinin toksik etkisidir.

Saprofit Bakteriler
Sindirim enzimleri gelişmiştir.
Madde döngüsünde görev alırlar.
Doğadaki rolleri: ölü organik atıkları inorganik maddelere dönüştürmektir.
Örnek: Süt → yoğurt eldesinde görevli yoğurt bakterileri
Örnek: Üzüm suyundan alkol eldesinde kullanılan bakteriler.

2. Solunumlarına Göre Bakteriler:

• Aerob (O2’li solunum)
• Anaerob (O2’siz solunum)
• Aerob ve Anaerob (Oksijenli ve oksijensiz solunum)

3. Şekillerine Göre Bakteriler:

• Yuvarlak (Coccus)
• Çubuk (Bacillus)
• Spiral (Spirillum)
• Virgül (Vibrio)

4. Boyanmalarına Göre Bakteriler:

• Bakterilerin çeperleri gram boyası tutma özelliğine sahiptir.
• Gram boyası tutan bakterilerin çeperleri kalındır. (Pozitif)
• Gram boyası tutmayan bakterilerin çeperleri incedir. (Negatif)
• Bazı bakterilerin çeperleri insan ve hayvanlarda toksik etki yapar.