Bakterilerin insan hayatında çok büyük etkileri vardır. Parazit bakterilerin bazıları doku ve hücreleri aktif olarak tahrip ederken bazıları da toksin adı verilen zehirler oluştururlar. Bu yolla da organizmanın hastalanmasına hatta ölümüne neden olabilirler. Hastalığa yol açan bu bakterilere patojen bakteriler denir. zatürre, menenjit, boğaz enfeksiyonu, ateşli romatizma, tifo, tetanoz, tüberküloz (verem), besin zehirlenmesi ve kolera bakterilerin sebep olduğu hastalıklardan bazılarıdır. Antibiyotik kullanımından itibaren bakteri kaynaklı hastalıklardan ölme oranında büyük düşüşler olmuştur. Ancak son yıllarda bilinçsiz ve aşırı antibiyotik tüketimi, bakterilerin antibiyotiklere karşı direnç kazanmasına yol açmış ve antibiyotiklerin etki etmediği bakteri türleri önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Bakterilerin hastalık yapan türleri olmasına karşılık insana yarar sağlayan birçok türü de bulunmaktadır.

Bakterilerin en önemli yararları aşağıda sıralanmıştır.

• İnsan bağırsağında yaşayan yararlı bakteriler, besinlerin sindirimine yardımcı oldukları gibi K vitamini ile bazı B vitaminlerinin sentezini sağlarlar.
• Bakterilerin bazıları atmosferdeki serbest azotu bağlayarak, bu elementi bitkilerin yararlanabileceği bileşiklere dönüştürürler.
• Saprofit bakteriler, bitki ve hayvan ölülerini daha basit organik maddelere parçalayarak onların çürümesini sağlarlar. Bu yolla kendileri besin ihtiyaçlarını karşıladıkları gibi, toprağın da organik madde bakımından zenginleşmesini sağlarlar (Zengin organik madde içeren topraklara humuslu toprak denir).

Dikkat: Saprofit bakteriler besinlerden enerji elde ederken organik maddeleri inorganik maddelere dönüştürürler. Böylece doğada sınırlı miktarda bulunan karbon, azot gibi elementlerin g devirli şekilde kullanılmasına (madde döngüsüne) katkı sağlarlar.

• Bakteriler tıp ve eczacılıkta da kullanılmaktadır. Örneğin bazı antibiyotiklerin sentezinde bakterilerden yararlanılır.
• Besin sanayinde de bakterilerden yararlanılmaktadır. Birçok bakteri türü fermantasyon adı verilen süreç sonunda kimyasal değişikliklere neden olur. Örneğin yoğurt, bu tür kimyasal değişikliklerin sonucu ortaya çıkmış bir besindir. Yoğurtta bulunan Lactobacillus bulgaricus bakterisi sütteki laktoz şekerini enerji elde etmek için kullanır ve bu reaksiyonlar sonucunda laktik asit üretir. Laktik asit, sıvı haldeki sütün daha katı haldeki yoğurda dönüşmesine yol açar. Sütten peynir üretiminde de bakterilerden yararlanılmaktadır.

• Bakterilerin diğer bir kullanım alanı toprak, hava ya da sudan kirleticilerin uzaklaştırılmasıdır. Buna biyoremediasyon denir. Petrol sızıntılarını temizlemek, yer altı sularındaki radyoaktif maddeleri çökeltmek biyoremediasyon uygulamalarından bazılarıdır.
• Bakteriler endüstriyel alanda da son derece önemlidir. Günümüzde bazı maddeleri sentetik olarak üretmek yerine, daha ucuz ve pratik olduğundan, bakterilere ürettirmek tercih edilmektedir. Bu maddeler arasında asetik asit (sirke), aseton, bütan-ol, laktik asit ve bazı vitaminler sayılabilir.
• Günümüzde kimyasal maddeler yerine bakteriler kullanılarak biyolojik mücadele çalışmaları yapılmaktadır. Örneğin kültür bitkilerine zarar veren böcekler, laboratuvarda özel olarak üretilip bu bitkilerin üzerine püskürtülen bakteriler yoluyla yok edilmektedir.
• Son yıllarda özellikle E.coli gibi bazı bakteriler genetik mühendisliğinde kullanılmaktadır. Örneğin gen aşılanan bakteriler, istenilen maddeleri (insülin hormonu, aşılar vb.) bol miktarda ve ucuza üretmektedir. Ayrıca kısa sürede çoğalmaları ve DNA’larının üzerinde protein kılıf taşımamaları nedeniyle moleküler biyoloji çalışmalarında bakterilerden yararlanılmaktadır.
• Bakteriler, birçok hastalığa karşı bağışıklık sağlayan aşı ve serumun elde edilmesinde de kullanılan organizmalardır.