Arkeler bakterilerin yaşayamadığı koşullarda bozulmadan kalabilen dirençli enzimlere sahiptir. Bu enzimler aşağıdaki işlemlerde kullanılmaktadır.

• Sanayi atığı olarak açığa çıkan metallerin zehirli etkilerinin azaltılması
• Kirlenmiş suların temizlenmesi ve tekrar kullanılabilir hale getirilmesi
• Amino asitler ve çeşitli antibiyotiklerin üretilmesi
• Gübre üretilmesi
• Biyogaz üretilmesi

Çiftliklerdeki çöplerde ve hayvan gübrelerindeki metan üreten arkeler, biyogaz olarak adlandırılan metan gazını oluştururlar. Çiftçiler metan üreten arkeleri kullanarak gübre ve çöplerden metan gazı üretebilmektedir. Toplanan bu gaz, yemek pişirme ve aydınlatma gibi faaliyetlerde kullanılmaktadır.

İneklerin ve diğer büyükbaş hayvanların bağırsaklarındaki metan üreten bakteriler, selülozu parçalayıcı enzimlere sahiptirler. Selülozun sindirilmesi ve enerji kaynağı olarak kullanılması sonucu, bir günde bir ineğin geğirmesiyle yaklaşık olarak elli litre metan gazı açığa çıkmaktadır. Metan, dünyanın atmosferini ısıtan sera etkisine sahip bir gazdır. Arkeler, bozulmadan kalabilen dirençli enzimlere sahiptir. Bu enzimler sayesinde arkeler; endüstride birçok tepkimenin gerçekleşmesi, atık metallerin zehirli özelliklerinin azaltılması, düşük kaliteli metal cevherlerinin ve atık suların kullanılabilir hale getirilmesi gibi alanlarda kullanılabilmektedir.